Fleuve côtier prenant sa source au pied du pech de Bugarach, il entre dans le département par les gorges de Galamus (qu'il a creusé dans les Corbières) et curieusement, au lieu de suivre la pente jusqu'à la mer, il passe par les calcaires du flanc sud du synclinal et crée la clue de la Fou. A hauteur de Caramany, la retenue d'eau sur l'Agly propose un grand nombre d'activités (randonnées, pêche, vélo). C'est le seul lac navigable en barque du département, où l'on peut pêcher toute l'année (2e cat.). 

Il serpente ensuite dans la Salanque avant de se jeter dans la Méditerranée au Barcarès.